La Biblioteca nasce con il Museo di Storia Naturale assolvendo al ruolo di centro di informazione specialistica connessa all’Istituto di Ricerca. Il suo patrimonio si fonda su un nucleo originario, costituito da un insieme di biblioteche scientifiche pervenute per lasciti o acquisti al Civico Museo Correr e all’Istituto Veneto di Scienze Lettere ed Arti, e affidate al Museo di Storia Naturale quando quest’ultimo venne scorporato dal Museo Correr. Spiccano, tra questo primo nucleo, le biblioteche di Nicolò Contarini e Giovanni Zanardini impreziosite da numerose edizioni del XVI e XVII secolo; la biblioteca di Gian Domenico Nardo; le opere scientifiche della biblioteca di Emmanuele Antonio Cicogna; i manoscritti, in parte inediti, dei già citati Contarini e Nardo e di Alberto Carlo Dondi Dell’Orologio. Di notevole pregio le monografie di prestigiosi naturalisti e studiosi locali e i periodici dell’Ottocento, relativi all’attività scientifica svolta nel Veneto, in particolare a Padova dall’Accademia Patavina e a Venezia dall’Istituto Veneto. A seguito di successivi acquisti e donazioni (tra le quali spicca una parte della biblioteca Ninni), e di un intenso programma di scambio di pubblicazioni con altri musei ed istituti scientifici, attualmente il patrimonio documentario consiste in oltre 40.000 titoli tra libri ed opuscoli e di circa 2.500 titoli per quanto concerne i periodici italiani e stranieri.

• Libri moderni: 40.000 titoli tra volumi e opuscoli a stampa
• Libri antichi: 55 edizioni del ‘500, 100 edizioni del ‘600, 750 edizioni del ‘700, 600 edizioni dell’800
• Periodici: estinti 2100, correnti 620
• Materiale miscellaneo: Opuscoli ed estratti raccolti da Gian Domenico Nardo (1802-1877), 1.500 circa. Opuscoli ed estratti di rilevante interesse scientifico e di una certa rarità (1800-1950), 1.000 circa.
• Fondi antichi: Carteggio del Conte Nicolò Contarini (1780-1849), circa 13.000 manoscritti. Carteggio di Gian Domenico Nardo (1802-1877), circa 15.000 manoscritti. Carteggio del Marchese Antonio Carlo Dondi Dell’Orologio (1751-1801), circa 2.000 manoscritti. Carteggio di Giovanni Miani (1810-1872), 101 fascicoli.