Il Museo di Storia Naturale di Venezia Giancarlo Ligabue è un ente di ricerca scientifica, riconosciuto dal Ministero dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca. Grazie alle importanti collezioni scientifiche raccolte nel corso della sua storia, alla grande biblioteca specialistica, alla specifica professionalità del personale scientifico, svolge e promuove ricerche nel campo della biologia e dell’ecologia della laguna di Venezia, dell’Adriatico e del territorio veneto in generale. Questa attenzione per l’ambito locale è ereditata dai naturalisti del passato che hanno legato la loro attività scientifica al Museo e viene tuttora mantenuta, proseguendo gli studi sia con autonome ricerche sia in collaborazione con altri Enti e Istituzioni scientifiche.

Di particolare rilievo sono i monitoraggi e le ricerche sulla laguna di Venezia e la sua fauna, tra cui l’indagine sulla diffusione delle specie alloctone marine e lagunari e i censimenti faunistici.

I risultati delle ricerche vengono generalmente presentati sotto forma di articoli scientifici, sia all’interno del Bollettino del Museo, sia nell’ambito di pubblicazioni di settore. Lo studio e la revisione delle collezioni scientifiche si traducono spesso nella pubblicazione dei relativi cataloghi. Una grande quantità di dati, provenienti dalle ricerche in ambiente, dallo studio e dalla schedatura dei materiali delle collezioni scientifiche e dallo spoglio della bibliografia specialistica, è stata negli ultimi anni inserita all’interno di banche dati informatiche.

Alcuni locali del Museo sono adibiti a laboratori per le attività di ricerca relative alle diverse discipline scientifiche: botanica, malacologia, entomologia, archeozoologia, paleontologia, zoologia dei vertebrati. I laboratori sono utilizzati dal personale interno ma anche da numerosi collaboratori e appassionati, oltre che da tesisti di varie facoltà universitarie e studiosi afferenti alle associazioni che hanno sede presso il Museo.