Rientrano in questa sezione collezioni singolari o a tipologia mista.
Collezioni di storia delle scienze
Il Museo custodisce una raccolta di antichi strumenti scientifici composta da microscopi e materiali per studi ottici e indagini mineralogiche, alcuni di essi appartenuti a naturalisti ottocenteschi come Zanardini e Nardo. Sono presenti inoltre due basilischi, creature fantastiche costruite utilizzando parti di altri animali, uno dei quali risalente al XVI secolo e attribuito dubitativamente a Leone Tartaglini.
Collezioni di anatomia
Sono tutte ottocentesche e comprendono: la raccolta Querini Stampalia di modelli anatomici umani in cartapesta, tra cui un “uomo clastico”, perfetta riproduzione del corpo umano in altezza naturale, completa di fasci muscolari e terminazioni nervose e vascolari, e una serie di uteri con i prodotti del concepimento nei diversi gradi di sviluppo; la collezione Trois di anatomia comparata, comprendente circa 2.000 preparati relativi a diversi gruppi animali.
Collezioni antropologiche
Esiste una sola raccolta eterogenea, proveniente per lo più dalle collezioni di anatomia comparata dell’Istituto Veneto e formata da alcuni crani e da due scheletri umani completi, risalenti alla fine del 1800.
Collezioni archeologiche
La collezione di oggetti preistorici delle stazioni palafitticole del Lago di Fimon nel Vicentino donata da Paolo Lioy nel 1865 include reperti litici, ceramici, animali e vegetali, in parte originali e in parte calchi in gesso, ed è corredata dal catalogo cartaceo originale. Tra i reperti isolati di notevole interesse si segnalano: la piroga monoxila in legno di quercia rinvenuta durante scavi presso Lova (Laguna di Venezia) risalente all’XI secolo d. C. e la mummia egiziana di falco proveniente da Luxor.