Le raccolte di botanica sono per la maggior parte collezioni storiche, alcune delle quali risalenti al XVIII secolo. Tra queste ricordiamo l’erbario fanerogamico Patarol, realizzato tra il 1717 e il 1719 e formato da 1.020 exsiccata, in parte raccolte dall’Autore e in parte pervenutegli da colleghi e amici botanici. Le piante, disposte in modo da conservare il naturale portamento, sono collocate senza alcun criterio sistematico, probabilmente per ordine di raccolta, e sono a volte accompagnate da insetti, in particolare farfalle, a guisa decorativa.

Tra le altre raccolte di fanerogame figurano l’erbario Olivi, costituito da quasi 4.000 exsiccata raccolte nella seconda metà del ‘700, e l’erbario Zanardini, risalente al 1840 e composto prevalentemente da piante veneziane e venete. Sono presenti anche la xilotomoteca Fiori, raccolta di sezioni di tronchi e/o rami di piante arboree provenienti da varie località italiane, e la carpospermoteca, raccolta di semi e frutti conservati in parte a secco in parte sotto liquido.

Esistono anche raccolte di crittogame (funghi, alghe, licheni, muschi, felci), in particolare alcune importanti collezioni ottocentesche: i licheni di Abramo Massalongo e la Lichenotheca Veneta di Vittore Trevisan; la Bryotheca Tarvisina di Pier Andrea Saccardo, una piccola ma preziosa raccolta di muschi provenienti dalla provincia di Treviso; l’algario di Giovanni Zanardini, costituito da 2.425 specie provenienti soprattutto dal Mare Adriatico e impreziosito da alcuni disegni dell’Autore riportanti le parti mancanti o la struttura cellulare dell’esemplare essiccato. Tra le collezioni del secolo scorso si annoverano l’algario di Aristocle Vatova e Victor Schiffner e la raccolta di licheni di Michelangelo Minio, entrambe formate da campioni raccolti nella laguna di Venezia; particolari sono infine i preparati microscopici di diatomee allestiti da Vito Zanon su vetrini.